以「健康一體」架構探討伺機性真菌病原之環境分佈與抗藥性機制：

侵襲性真菌感染在全球造成高死亡率，然而目前的治療選擇仍僅限於三種機制的藥物類型。我們的研究利用先天性具多重抗藥性的Scedosporium 和 Lomentospora 物種—被世界衛生組織（WHO）列為重點的病原體—作為模式系統，深入探討其先天性抗藥機制、並鑑定新型治療標的。透過國際合作，我們正在建立一個完整的亞太地區菌種生物資料庫，並應用 4D 多體學整合技術（涵蓋基因體學、轉錄體學、蛋白質體學和代謝體學），勾勒出調控其泛抗藥性（pan-resistance）的分子網路。針對篩選出的候選標的，我們利用 CRISPR-Cpf1 基因編輯平台進行功能性驗證，並結合奈米醫藥傳遞系統、藥物重新利用（repurpose）篩選以及藥效測試，將研究成果轉化為臨床治療策略。

開發蟲生真菌田間應用於永續生物防治：

荔枝椿象 (Tessaratoma papillosa) 在台灣及東南亞的荔枝與龍眼果園造成嚴重的產量損失，然而化學農藥的永續替代方案仍然相當侷限。我們的研究利用 Purpureocillium takamizusanense TCTeb01— 經證實具田間效力與生物安全性的本土分離蟲生真菌—作為模式系統，理解對真菌生物防治的分子層級機制。透過雙重 RNA 定序 (Dual RNA-seq) 與 MEFISTO 時序因子分析，我們想了解感染過程中，真菌致病策略與昆蟲免疫防禦之間動態的分子交互作用，並利用 qRT-PCR 對候選基因進行功能性驗證。同時，我們也系統性地評估該真菌在田間相關環境壓力下的韌性（包括低水活性、UV-B 輻射及極端溫度），將生理試驗與轉錄體圖譜分析相結合，以了解抗逆境基因網路，並建立用於菌株改良與精準施用的分子標記。

都市化造成的土壤微生物多樣性、群落結構與功能性變化：

都市化改變了土壤性質並重塑了地下的微生物群落，然而在亞熱帶地區，這些變化的程度與機制仍未被充分釐清。本計畫將探討台灣各地的都市化梯度如何影響土壤微生物的多樣性、群落組裝（community assembly）及其功能潛力。我們依據「人類足跡指數」（Human Footprint Index）進行分層，採集涵蓋四種土地利用類別的土壤樣本，包括：林地、農地、遊憩用地及公共綠地。我們測定土壤理化性質（pH 值、有機質、總碳與總氮、有效磷、交換性陽離子）外，亦利用奈米孔條碼分析（Oxford Nanopore metabarcoding pipelines）進行 16S rRNA 和 ITS 定序，建立細菌與真菌的群落圖譜。透過整合分析 α 和 β 多樣性（含 β最近親緣類群指數，βNTI）、環境驅動因子相關性以及功能相異度指標，我們將評估都市化是否改變了土壤微生物在物種、族群、與功能上的同質化（homogenization），並探討細菌與真菌對土地利用變化的反應是同步還是非同步的。